1987年，省直机关子弟小学坐落于文二路边，后更名为杭州市文二街小学。建校伊始，全校师生以陶行知先生为楷模，开展学陶师陶活动，得到了省市陶研专家、领导、家长的认可，西湖区人民政府发文同意更名为“杭州市行知小学”。全国人大副委员长雷洁琼亲笔题写了“杭州市行知小学”校名，勉励行知师生努力践行陶行知的教育思想，培养学生做学习的小主人，做学校的小主人，做社会的小主人，做大自然的小主人。
办学至今，行知小学连续多年被命名为全国践行陶行知教育思想先进集体，在国家教委副主任邹时炎、浙江省省委书记李泽民、铁瑛、省长柴松岳等省市区各级领导和专家的关怀下，茁壮成长。